La science, la cité

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Quelques réflexions à propos de l'affaire Voinnet

Depuis le mois de janvier, le biologiste des plantes Olivier Voinnet est dans la tourmente. Sur le site de commentaires par les pairs post-publication PubPeer, ce sont près de 40 articles étalés sur plus de 15 ans qui sont pointés du doigt. En cause, des données qui semblent trafiquées, notamment des figures de résultats expérimentaux qui semblent avoir été montées de toutes pièces sous Photoshop. Alors, fraude ou négligence ?

Nous étions encore à nous interroger quand, le 1er avril, une chercheuse du même domaine témoignait sur le site PubPeer des aléas d’un article d’Olivier Voinnet dont elle s’est retrouvée rapporteuse à trois reprises (deux fois l’article fut refusé, pour être accepté la troisième fois). Elle raconte ainsi que les auteurs ont fait dire différentes choses aux mêmes figures, jetant le trouble sur l’authenticité de leur travail et leur intégrité. Et le 7 avril, Vicky Vance rendait public son rapport de relectrice de l’époque.

Le 9 avril, le CNRS (qui emploie Olivier Voinnet, où il est Directeur de recherche 1e classe) et l’ETH de Zürich (où il est détaché et dirige une équipe d’une trentaine de personnes) annonçaient installer chacun une commission d’enquête composée d’experts indépendants afin de faire toute la lumière sur ces accusations. Il suffit donc désormais d’attendre leur rapport ?

Ce n’est malheureusement pas si simple, et il y a plusieurs raisons d’être inquiet.

D’une part, alors que le CNRS et l’ETH verrouillaient la communication de crise et interdisaient aux protagonistes de communiquer pendant le travail des commissions d’experts, ces deux institutions ne purent s’empêcher d’aller au-delà du factuel dans leur communiqué de presse, pour exprimer leur avis sur les reproches formulés à l’encontre d’Olivier Voinnet :

Indépendamment des travaux de cette commission, le CNRS constate à ce stade que les mises en cause publiques ont porté sur la présentation de certaines figures, mais qu’à sa connaissance, aucune déclaration n’a remis en cause les résultats généraux obtenus par Olivier Voinnet et ses collaborateurs sur le rôle des petits ARN dans la régulation de l’expression des gènes et la réponse antivirale, résultats par ailleurs confirmés à plusieurs reprises, sur le même matériel ou sur d’autres, par différents groupes à travers le monde.

These allegations have come as a surprise to the Executive Board at ETH Zurich. Olivier Voinnet is a scientist whose outstanding research findings have been confirmed repeatedly by other research groups, says Günther (le Vice-président de l’ETH en charge de la recherche et des relations institutionnelles).

Or, comme leur a répondu Vicky Vance dans une lettre ouverte publiée dimanche 12 avril :

I have read that the posts showing fabrication of data in the figures of many of Prof. Voinnet’s articles were viewed by some people as having little importance. The rationale being provided is that the results are still valid because other labs have been able to show the same results. That is NOT completely true. The practice of fabrication of data by the Voinnet lab has had serious negative impact on the field of RNA silencing. Many investigators are, in fact, not able to repeat some aspects of his reported results or have conflicting data. However, once results are published in high impact journals by a powerful and important senior investigator such as Prof. Voinnet, there is little chance to get funding to pursue conflicting data and further experimental approaches are stalled.

Pour reprendre la formule des sociologues David Pontille et Didier Torny, if the absence of reproducibility is often considered a clue to falsification, the opposite is not necessarily true. C’est-à-dire que contrairement aux rayons N et à la mémoire de l’eau qui se sont dégonflés dès le pot aux roses découvert, le domaine des ARN interférents ouvert par Voinnet subsistera après lui. Mais dans quel état ? Le tri entre les résultats valables et les résultats non valables sera considérable, et on réalisera quel coup a été porté contre l’avancée des connaissances et l’éthique scientifique. À cet égard, l’attitude déculpabilisante des tutelles est irresponsable et inadmissible.

D’autre part, la France a un lourd passif en matière de gestion de la fraude scientifique. Revenons un peu en arrière : en septembre 1998, l’éditorial de Science et Vie titré Fraude scientifique : l’exception française regrettait que

il n’existe en France aucune déontologie scientifique. Nulle protection n’est offerte aux dénonciateurs, qui honorent la science en proclamant la vérité au risque de briser leur carrière. Il est temps de s’attaquer sérieusement au mal. Hélas, quand on lit le communiqué de l’Inserm, qui indique que, à sa connaissance, aucune mauvaise conduite scientifique de l’unité 391 n’a pu être démontrée, on n’a pas l’impression d’en prendre le chemin…

Ce qui valait l’ire de l’éditorialiste était l’affaire Bihain, du nom de ce chercheur Inserm bardé de contrats industriels qui annonça avoir découvert un gène de l’obésité susceptible de donner naissance à des traitements révolutionnaires… jusqu’à ce que des soupçons de fraude émergent. Le traitement de l’affaire aussi bien par l’Inserm que par le Ministère fut lamentable (comme en témoigne le résumé qu’en fit Nature) et si bien minoré qu’aujourd’hui cet épisode a été oublié (contrairement à la mémoire de l’eau, qui est pourtant plus vieille de 10 ans) et brille par son absence sur la page Wikipédia dudit Bernard Bihain.

Dix ans plus tard, la France faisait encore figure de mauvais élève dans la lutte contre la fraude scientifique, ce qui n’augure pas de bonnes choses pour l’affaire Voinnet. Mais certains observateurs (je protège mes sources !) estiment que ce scandale qui éclabousse un chercheur médaillé d’argent du CNRS, sans doute le premier grand scandale scientifique de l’histoire du CNRS, ne pourra pas être étouffé comme le fut l’affaire Bihain.

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De longues rétractations

Décidément, rien ne va plus au royaume des hormones végétales. En avril 2007, un travail mettant le doigt sur le signal à  l'origine de la floraison (appelé florigène) faisait l'objet d'une rétractation ; le mois dernier, c'est un travail identifiant le récepteur de l'acide abscissique et publié dans la revue Nature qui a été effacé des tablettes de la science. Comme le raconte l'éditorial de la revue, ce travail avait été cité 120 fois malgré un accueil plutôt froid (c'est en tous cas ce qu'on raconte aujourd'hui), les résultats annoncés allant à  l'encontre de ce qu'on savait déjà ... Comme souvent, le postdoc qui a fait les expériences douteuses a quitté le laboratoire et est introuvable !

L'article original était paru en janvier 2006. La rétractation, elle, a été demandée en juin par les chercheurs du laboratoire et publiée en décembre par la revue Nature. Soit 33 mois plus tard, ce qui est relativement long, même si les chercheurs concernés par la nouvelle étaient probablement déjà  au courant grâce aux bruits de couloir ou annonces sur listes de diffusion comme cela se fait parfois. Il n'empêche. Selon une enquête de John P. Ioannidis (le poil à  gratter de la recherche biomédicale qui avait affirmé en 2005 que la plupart des résultats scientifiques sont faux), la rétractation d'un article paru dans une revue en vue (facteur d'impact supérieur à  10 et recevant plus de 30.000 citations par an) prend autour de 34 mois (médiane).

Mais ce n'est pas tout : Ioannidis et ses collaborateurs se sont rendu compte que la rétraction prend 79 mois quand un chercheur senior est impliqué dans la recherche frauduleuse contre 22 mois quand il s'agit de chercheurs juniors. Une différence significative qui reste encore encore à  expliquer. Et enfin, pour une revue donnée, les articles rétractés ne diffèrent en rien des autres articles vis-à -vis du nombre de citations reçues dans la première année, le nombre d'auteurs, le pays, l'origine du financement ou la discipline, mais sont deux fois plus susceptibles d'avoir des auteurs de différents pays ! Ce qui n'était pas le cas ici, cette exception confirmant la règle.

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Nouvelles du front (14)

Le 22 septembre 2008, Bruno Laurioux remettait à  Michel Callon la médaille d'argent du CNRS qui distingue un chercheur pour l'originalité, la qualité et l'importance de ses travaux, reconnus sur le plan national et international. Dans son discours, la directrice du Centre de sociologie de l'innovation Madeleine Akrich reconnaissait l'extrême diversité des chercheurs et doctorants recrutés par Michel Callon, avec des profils allant de l'histoire aux mathématiques en passant par les sciences politiques, l'ingéniérie, l'urbanisme, l'anthropologie, l'économie, la gestion etc. Et elle proposait cette lecture magnifique :

S'agirait-il de cette interdisciplinarité dont on entend beaucoup parler ? Je ne le crois pas. Il me semble que l'on se situe dans ce que j'appellerais maladroitement de l'adisciplinarité, qui correspond à  une volonté consciente et réfléchie d'échapper aux cadres disciplinaires. La grande différence étant à  mes yeux que l'interdisciplinarité part des disciplines pour essayer de converger sur un objet, alors que l'adisciplinarité se situe ailleurs, dans un autre espace que celui quadrillé par les disciplines, et permet de faire émerger de nouvelles approches par sa focalisation première sur des questions “ sans arrêt renouvelées par le contact avec les acteurs extérieurs à  la recherche “ plutôt que sur des réponses déjà  apportées par des champs disciplinaires. Cela n'implique évidemment pas de se priver des apports d'autres travaux, mais plutôt une manière particulièrement libre de circuler à  l'intérieur de ces corpus, de tenter des rapprochements, d'opérer des déplacements.

Le 13 octobre, la revue en accès libre PLoS Biology fêtait ses 5 ans. Personnellement, je me souviens du temps passé à  la bibliothèque de l'Agro à  suivre frénétiquement les premiers pas de cette révolution. Je photocopiais les articles de Nature où il était question du projet d'Harold Varmus et ses acolytes (notamment les articles d'août 2002 et octobre 2003), une idée que je trouvais magnifique malgré un nom qui me semblait bizarre (et vague) : PLoS, pour Public Library of Science. De l'eau a coulé sous les ponts et je n'aurais pu imaginer à  quel point l'accès libre est aujourd'hui omniprésent, et PLoS avec lui ! J'y vais donc de mon hommage : ce blog n'existerait pas sans ces premiers émois face à  la perspective de l'accès libre et au choc que fut la découverte de Bruno Latour et La vie de laboratoire, à  peu près à  la même époque. Merci à  eux !

En 2003, ma photocopie de l'article "Nature" qui annonçait le lancement de PLoS #iloveopenaccess

Le 5 novembre, Tom Roud se lançait dans un décortiquage en règle du classement de Wikio et, comme avec la chaîne "Why blog?", faisait ressortir l'expérimentateur en lui (caché pas si loin derrière le théoricien) en lui jetant en pâture un blog artificiel créé pour l'occasion.

Le 11 novembre, un article des physiciens français Gilles Chériaux et Jean-Paul Chambaret (rattachés à  l'Ecole Polytechnique) était rétracté, six mois après qu'un blogueur se soit rendu compte que c'était un plagiat éhonté d'un article déjà  paru.

Le 13 novembre, l'éditorial de la revue Nature soulignait le danger que représente la contestation devant les tribunaux de résultats scientifiques, à  l'opposé de la transparence et de la discussion qui sont censés organiser la communauté scientifique. Et de citer cette récente poursuite par l'entreprise Biopure de chercheurs ayant publié dans le Journal of the American Medical Association une méta-analyse défavorable à  l'un de ses produits (un substitut sanguin), l'entreprise arguant des pertes financières encourues à  cause de cet article erroné selon eux.

Le 20 novembre, à  l'initiative du département SHS du CNRS, la Maison Méditerranéenne des Sciences de l'Homme recevait une journée d'études sur "Pourquoi déposer dans HAL SHS ? Les enjeux des archives ouvertes".

Jusqu'au 30 novembre, l'INED vous invite à  participer à  son enquête sur l'usage des langues vivantes dans la recherche dont l'objectif est de dresser un état des lieux plus approfondi des pratiques et des opinions individuelles sur la question des langues dans les sciences et de donner la parole à  tous les acteurs de la recherche.

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La France s'attaque enfin à  la fraude scientifique ?

Depuis le début des années 1980, les Etats-Unis s'intéressent aux FFP (falsification, fabrication and plagiarism) et aux QRP (questionable research practices), d'où l'abondance de données sur le sujet de l'autre côté de l'Atlantique. Le ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche français, lui, vient seulement de demander en début d'année à  Jean-Pierre Alix, cadre du CNRS, d'établir un diagnostic sur l'intégrité scientifique, et de proposer des remèdes.

Pourtant, nous n'étions pas épargnés. Nos chercheurs ne sont pas meilleurs que les autres mais longtemps, nous n'avons pas voulu voir ce mal qui ronge la recherche, et l'avons réduit à  une déviance accidentelle. Voici ce qu'on lisait dans un éditorial de Science et vie en septembre 1998, suite à  l'affaire Bihain :

Nos voisins britanniques et allemands (…) ont de l'avance sur nous. L'Allemagne vient de modifier sa législation : le trop fameux publish or perish ("publier ou périr"), qui guide l'activité scientifique, cède la place à  "Besser un Weniger" (publier "mieux et moins"). Le prestigieux institut Max-Planck de Berlin a établi une charte qui protège les "dénonciateurs" de fraude. En revanche, il n'existe en France aucune déontologie scientifique. Nulle protection n'est offerte aux dénonciateurs, qui honorent la science en proclamant la vérité au risque de briser leur carrière. Il est temps de s'attaquer sérieusement au mal. Hélas, quand on lit le communiqué de l'INSERM, qui indique que, "à  sa connaissance, aucune mauvaise conduite scientifique de l'unité 391 n'a pu être démontrée", on n'a pas l'impression d'en prendre le chemin…

 Dix ans déjà  et rien n'a changé...

Et c'était il y a déjà  dix ans ! Ce mois-ci, Science et vie s'attaque de nouveau à  la question avec un dossier spécial, ce qui prouve que la question revient en haut de l'ordre du jour. On y retrouve évidemment Jean-Pierre Alix, qui promettait dans Le Monde d'organiser un colloque à  la fin de l’année 2008, afin de sensibiliser et d’impliquer les institutions scientifiques plutôt que de pondre un rapport voué à  finir dans un tiroir. J'ai longtemps guetté ce colloque et je vois que Jean-Pierre Alix est derrière celui qui arrive les 24 et 25 novembre prochain. Un colloque intitulé "Sciences en société : Dialogues et responsabilité scientifique". Or non seulement le colloque est sur invitation uniquement ([Mà J 13/11] à  noter toutefois la possibilité de regarder la retransmission des échanges en direct) mais à  lire le programme, il semble que la question de la fraude se retrouvera noyée dans des discussions sur les jeunes et la science, les musées de science, la société de la connaissance etc. Je note seulement une session d'une heure et demi sur "Intégrité et communication scientifique" et une autre de la même durée portant sur la responsabilité scientifique... Ce sera sans moi, puisque j'assiste à  la soutenance de thèse de ma meilleure moitié. Mais j'encourage des participants qui passeraient par ici à  laisser quelques mots en commentaire pour nous faire part de leur expérience !

En fait, comme annoncé quasi-confidentiellement au colloque "Recherche, éthique et déontologie" d'avril dernier (vidéo - diapositives), un second colloque est prévu en 2009. Il s'agira dans une première journée de rassembler des éléments de diagnostic sur l'expérience internationale et un rapport d'enquête français puis, dans une seconde journée, de discuter des décisions possibles pour se fixer sur des recommandations à  la Ministre. A suivre !

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Nouvelles du front (13)

En juillet, Jà¶rg P. Dietrich complétait dans les Publications of the Astronomical Society of the Pacific son enquête sur le serveur arXiv et le nombre accru de citations dont bénéficient les chercheurs qui soumettent leur article au tout dernier moment de la journée et se retrouvent le lendemain en haut des listes (rappel). Cette fois, il a pu montrer qu'il y a deux effets qui se mélangent : d'une part, les chercheurs vont avoir tendance à  promouvoir leurs meilleurs articles en utilisant cette stratégie (or qui dit meilleure qualité dit plus de citations) et d'autre part, les articles rendus plus visibles par ce stratagème deviennent plus cités (indépendamment de leur qualité intrinsèque). Les administrateurs d'arXiv ont eu vent de cette faille du système et promettent une solution pour bientôt...

Le 8 août, un article de la revue Science se penchait sur l'effet des sanctions des chercheurs accusés de comportement déviants (falsification de données, plagiat etc.) par l'Office of Research Integrity (ORI) américain. La plupart de ces sanctions sont administratives et les auteurs constatent que la falsification ou fabrication de données sont punies plus sévèrement que le plagiat, celui-ci n'entraînant jamais de rétraction d'article. Parmi les 43 chercheurs sanctionnés de l'échantillon, une recherche bibliographique montre que le déclin du nombre de publications est significatif après la sanction, 51% d'entre eux publiant en moyenne un article par an et 12 ne publiant même plus. Sur les 28 chercheurs qui ont pu être retrouvés, la plupart avait changé de travail même si 43% sont restés dans le milieu académique. Certains racontent aussi que leur vie privée en a souffert...

La semaine suivante, Nature rapportait les problèmes éthiques et de procédure d'un travail publié dans le Lancet, touchant à  de la chirurgie urologique à  base de cellules souches. L'essai clinique n'avait pas été autorisé, les patients pas suffisamment informés de la nature de la procédure et pas assurés, le protocole expérimental mal conçu. Et comme souvent, on retrouve des co-signataires de complaisance, dont la publication dit pourtant qu'ils ont participé à  toutes les recherches et traitements.

Pablo Jensen a publié dans le numéro d'août de la revue Science and Public Policy l'étude qu'il présentait au colloque CNRS "Sciences et société en mutation" en février dernier. Laquelle montre que les scientifiques ouverts sur la société publient plus d'articles et que ceux-ci ont plus d'impact en termes de citations, mais aussi que l'implication dans des activités de diffusion n'est pas pénalisante pour la carrière.

Le 29 août, la revue Science rapportait un cas de fraude sur des travaux ayant démontré l'effet cancérigène des champs électro-magnétiques émis par les téléphones portabless. L'histoire est une des plus compliquée que j'ai jamais lu, avec de nombreuses controverses et, on s'en doute, de nombreux enjeux citoyens et économiques.

Le numéro de Nature du 25 septembre consacrait un dossier tout à  fait sérieux à  l'élection américaine. Malheureusement, la quatrième de couverture entrait étrangement en résonance avec la couverture (via Bora). Times Online en parle aussi mais ne dit pas s'il a trouvé l'information sur les blogs.

 OOPS!<br /><br />NATURE, 25 September 2008.<br /><br /><br />

Le classement des revues scientifiques par l'European Science Foundation fait quelques remous, certains comités éditoriaux s'émouvant de leur mauvaise note tandis que d'autres refusaient même de figurer dans le classement ! Dans un excellent texte (via Urfist Info via Pierre Mounier), Yves Gingras explique que ces revues d'histoire et de sociologie des sciences se sont concertées pour dénoncer ces classements superficiels et unidimensionnels et plus ou moins occultes quant à  leur méthode mais regrette la confusion qui existe entre évaluation et bibliométrie (la première étant anarchique et normative, la seconde étant méthodique et descriptive).

Les 1er et 2 octobre s'est tenu à  Paris un colloque sur la réforme et l'avenir de la recherche, sous l'égide de l'ASPERT (Association d'échanges et de réflexion sur l'analyse stratégique, la prospective et l'évaluation de la recherche et de la technologie). Quelqu'un a entendu parler des retombées ? Pas moi en tous cas…

Pour l'automne, le CNRS revêt une nouvelle robe et annonce un nouveau logo avec un choix précis de couleurs qui identifieront les nouveaux instituts à  venir – et ceux déjà  existants – dont le nom figurera juste en dessous du logotype. Son nouveau film institutionnel est quant à  lui signé Jean-Jacques Beineix.

[Mà J 17h45] : Le CNRS explique que pas tout à  fait ronde, novatrice, la forme du logo figure le processus même de la recherche, toujours en devenir, et évoque la matière mise à  la disposition de nos chercheurs par notre planète. ( ) Cette forme, qui le distingue clairement, permet aussi une meilleure visibilité aux côtés d'autres logotypes dans les cas de partenariats. J'espère pour eux qu'ils n'ont pas prévu de collaborer avec le Danemark !

Un premier pas vers le parlement des choses voulu par Bruno Latour ? On nous promet en effet le parlement des créatures pour novembre prochain : le parlement des créatures va faire ressortir les manières dont les plantes, animaux et champignons sont incorporés et exclus des mondes sociaux humains.

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