La science, la cité

Un twitto, c'est un utilisateur de Twitter. Voici un échantillon de la réception par cette communauté de l'annonce de neutrinos supraluminiques.

En juillet, Jà¶rg P. Dietrich complétait dans les Publications of the Astronomical Society of the Pacific son enquête sur le serveur arXiv et le nombre accru de citations dont bénéficient les chercheurs qui soumettent leur article au tout dernier moment de la journée et se retrouvent le lendemain en haut des listes (rappel). Cette fois, il a pu montrer qu'il y a deux effets qui se mélangent : d'une part, les chercheurs vont avoir tendance à  promouvoir leurs meilleurs articles en utilisant cette stratégie (or qui dit meilleure qualité dit plus de citations) et d'autre part, les articles rendus plus visibles par ce stratagème deviennent plus cités (indépendamment de leur qualité intrinsèque). Les administrateurs d'arXiv ont eu vent de cette faille du système et promettent une solution pour bientôt...

Le 8 août, un article de la revue Science se penchait sur l'effet des sanctions des chercheurs accusés de comportement déviants (falsification de données, plagiat etc.) par l'Office of Research Integrity (ORI) américain. La plupart de ces sanctions sont administratives et les auteurs constatent que la falsification ou fabrication de données sont punies plus sévèrement que le plagiat, celui-ci n'entraînant jamais de rétraction d'article. Parmi les 43 chercheurs sanctionnés de l'échantillon, une recherche bibliographique montre que le déclin du nombre de publications est significatif après la sanction, 51% d'entre eux publiant en moyenne un article par an et 12 ne publiant même plus. Sur les 28 chercheurs qui ont pu être retrouvés, la plupart avait changé de travail même si 43% sont restés dans le milieu académique. Certains racontent aussi que leur vie privée en a souffert...

La semaine suivante, Nature rapportait les problèmes éthiques et de procédure d'un travail publié dans le Lancet, touchant à  de la chirurgie urologique à  base de cellules souches. L'essai clinique n'avait pas été autorisé, les patients pas suffisamment informés de la nature de la procédure et pas assurés, le protocole expérimental mal conçu. Et comme souvent, on retrouve des co-signataires de complaisance, dont la publication dit pourtant qu'ils ont participé à  toutes les recherches et traitements.

Pablo Jensen a publié dans le numéro d'août de la revue Science and Public Policy l'étude qu'il présentait au colloque CNRS "Sciences et société en mutation" en février dernier. Laquelle montre que les scientifiques ouverts sur la société publient plus d'articles et que ceux-ci ont plus d'impact en termes de citations, mais aussi que l'implication dans des activités de diffusion n'est pas pénalisante pour la carrière.

Le 29 août, la revue Science rapportait un cas de fraude sur des travaux ayant démontré l'effet cancérigène des champs électro-magnétiques émis par les téléphones portabless. L'histoire est une des plus compliquée que j'ai jamais lu, avec de nombreuses controverses et, on s'en doute, de nombreux enjeux citoyens et économiques.

Le numéro de Nature du 25 septembre consacrait un dossier tout à  fait sérieux à  l'élection américaine. Malheureusement, la quatrième de couverture entrait étrangement en résonance avec la couverture (via Bora). Times Online en parle aussi mais ne dit pas s'il a trouvé l'information sur les blogs.

Le classement des revues scientifiques par l'European Science Foundation fait quelques remous, certains comités éditoriaux s'émouvant de leur mauvaise note tandis que d'autres refusaient même de figurer dans le classement ! Dans un excellent texte (via Urfist Info via Pierre Mounier), Yves Gingras explique que ces revues d'histoire et de sociologie des sciences se sont concertées pour dénoncer ces classements superficiels et unidimensionnels et plus ou moins occultes quant à  leur méthode mais regrette la confusion qui existe entre évaluation et bibliométrie (la première étant anarchique et normative, la seconde étant méthodique et descriptive).

Les 1er et 2 octobre s'est tenu à  Paris un colloque sur la réforme et l'avenir de la recherche, sous l'égide de l'ASPERT (Association d'échanges et de réflexion sur l'analyse stratégique, la prospective et l'évaluation de la recherche et de la technologie). Quelqu'un a entendu parler des retombées ? Pas moi en tous cas…

Pour l'automne, le CNRS revêt une nouvelle robe et annonce un nouveau logo avec un choix précis de couleurs qui identifieront les nouveaux instituts à  venir – et ceux déjà  existants – dont le nom figurera juste en dessous du logotype. Son nouveau film institutionnel est quant à  lui signé Jean-Jacques Beineix.

[Mà J 17h45] : Le CNRS explique que pas tout à  fait ronde, novatrice, la forme du logo figure le processus même de la recherche, toujours en devenir, et évoque la matière mise à  la disposition de nos chercheurs par notre planète. ( ) Cette forme, qui le distingue clairement, permet aussi une meilleure visibilité aux côtés d'autres logotypes dans les cas de partenariats. J'espère pour eux qu'ils n'ont pas prévu de collaborer avec le Danemark !

Un premier pas vers le parlement des choses voulu par Bruno Latour ? On nous promet en effet le parlement des créatures pour novembre prochain : le parlement des créatures va faire ressortir les manières dont les plantes, animaux et champignons sont incorporés et exclus des mondes sociaux humains.

Vous aviez entendu parler du classement de Shangaï, du classement de l'Ecole des mines mais pas du classement de Vincennes ? Les "Scientists of America" réparent cette injustice (attention, second degré !).

Si vous êtes un physicien, mathématicien ou biologiste théoricien, vous savez que mettre vos articles en accès libre sur arXiv donne un avantage compétitif et augmente la probabilité d'être cité. Mais comme ce comportement se banalise, il devient de plus en plus difficile de se démarquer des concurrents. Une solution : soumettre tout juste avant 21h00 (heure d'hiver de Paris), moment où la journée se termine pour les serveurs d'arXiv. Ainsi, vous apparaissez en haut des listes le lendemain et êtes plus cités, comme le montre un article paru en février dans les Publications of the Astronomical Society of the Pacific ! Evidemment, c'est plus facile pour les Américains que pour les Européens…

Le 29 février, Science reportait un cas de fraude en chimie analytique et environnementale. Le coupable, qui plagiait des articles très techniques et peu visibles, publiait à  un rythme effrené : 66 publications en 4 ans ! Son université indienne ne l'a pas démis de ses fonctions mais Pattium Chiranjeevi ne pourra plus endosser de responsabilités et son augmentation de salaire a été refusée. (lire également ici)

Rebelote deux semaines plus tard, à  propos cette fois d'un chercheur Coréen en vue qui avait fabriqué des expériences de toutes pièces pour ses articles parus dans Science et Nature Chemical Biology. Le plus embêtant : il avait créé une entreprise sur la base de ses pseudo-résultats, laquelle cherche déjà  comment se reconvertir...

Le 6 mars, le retrait d'un article publié dans Nature, dont les résultats se sont avérés non reproductibles, énerve. Des deux co-premiers auteurs, censés avoir fourni la même quantité de travail et partager la même responsabilité vis-à -vis de leur article, un seul est déisgné coupable et on nous dit que l'autre n'a quasiment pas contribué. Faudrait savoir… A lire chez Pablo aka blop.

Le 15 mars, dans sa chronique pour Le Monde 2, Pierre Assouline s'aventurait du côté de la neurofinance et notait : Elle a fait l'objet de quelques publications, mais exclusivement en anglais, preuve que le phénomène est inconnu chez nous. Quelqu'un peut-il dire à  Assouline que les chercheurs français publient aussi en anglais, et parfois même uniquement dans cette langue ? A titre d'exemple, Thami Kabbaj (université d'Orléans) est loin d'être un bleu en la matière, et avait déjà  analysé l'affaire Jérôme Kerviel sous cet angle…

Le 22 mars, un article de Rue 89 racontait comment un article créationniste camouflé en une revue de littérature publiée dans Proteomics a été épinglé sur les blogs et comment les nombreux commentateurs de Pharyngula ont repéré tous les emprunts témoignant du plagiat. La double faute (créationnisme + plagiat) était caractérisée ! On se souviendra qu'en 2005, c'est sur un forum Internet que l'affaire Hwang avait décollé, ses participants s'exerçant à  démasquer les photos dupliquées et les données ADN d'embryons falsifiées. (via woody)

Une expérience prévue par le CERN en mai prochain pourrait détruire la Terre. Les internautes se mobilisent !

A l'opposé de 2006, 2007 aura été une année faste pour la communication scientifique en français : le prix Descartes a récompensé l'astrophysicien Jean-Pierre Luminet dans la catégorie "Ecrivain de l'année" et Delphine Grinberg, une des conceptrices de la Cité des enfants au sein de la Cité des Sciences et de l’industrie et auteur de livres scientifiques pour enfants, dans la catégorie "Communicant de l'année".

Je suis en lice pour le festival de l'expression sur internet, dans la catégorie "Blog politique / Expression citoyenne". Vous aimez mon blog et mes billets ? Merci de voter pour moi avant le 31 mars !

Selon Francis Rumpf^[1], les revues Nature et Science publient des articles dans tous les domaines de la recherche fondamentale à  l'exclusion des mathématiques.

Pourquoi pas les mathématiques ? Autant le titre de la revue Nature peut expliquer un contenu orienté vers les sciences naturelles (en gros : biologie, physique, chimie), autant la revue Science semble sans restrictions (et couvre en effet un éventail assez large de disciplines). Pourquoi donc ne pas publier d'articles de mathématiques ? On pourrait penser que cette discipline fonctionne différemment et pourtant, la communication des résultats se fait de la même façon par des revues scientifiques.

Dans leurs instructions aux auteurs, les deux revues ne formulent aucune restriction de ce genre. Nature demande juste que les articles soient originaux, extrêmement importants et puissent intéresser un lectorat interdisciplinaire. Alors, pourquoi pas les mathématiques ?

Si vous avez une hypothèse (ou une explication avérée), j'aimerais la lire. D'avance, merci !

Quelques nouvelles du front, cette fois-ci du côté de la communication de la science.

Le groupe Nature vient de lancer la revue Nature Education, destiné à  développer des ressources innovantes pour l'éducation et des outils pour les étudiants en science et leur professeurs.

Nature Education will take a non-traditional approach to the rapidly-evolving college education market, focusing primarily on creating leading edge, digitally-based, learning solutions in biology, chemistry and physics.

Les nominés du Prix Descartes pour la communication scientifique, décerné par la DG Recherche de la Commission européenne, ont été annoncés. La France figure en bonne place avec :

• dans la catégorie "Scientifique professionnel impliqué dans la communication avec le grand public", Jean-Marie Pelt et Alain de Sedouy (nominés ensemble) et Jean-Marc Lévy-Leblond (notre favori !) ;
• dans la catégorie "Vulgarisation scientifique par l'écrit", les livres de Jean-Claude Ameisen sur le suicide cellulaire (apoptose) et la "sculpture du vivant" ;
• dans la catégorie "Vulgarisation scientifique par l'audiovisuel et le multimédia", les documentaires "Du baiser au bébé", "Paludisme : l'hécatombe silencieuse" et "Les Océanautes" ;
• dans la catégorie "Action innovante de communication scientifique", "Les conseils du Professeur Chimico".

Peut-être une belle fournée de prix en perspective !

Enfin, dans la lignée de la sociologie des sciences qui contribue à  éclairer les heurts de la science souvent laissés dans l'ombre, un article de SciDev.Net regrette que les journalistes scientifiques les passent sous silence et donnent l'impression que la science est un processus linéaire. A lire !

Mon billet précédent sur le peer commentary a fait beaucoup réagir, l'opinion dominante étant que le peer review ne sera jamais remplacé avantageusement par un système où chacun est invité à  commenter et à  réagir directement aux articles scientifiques. C'est plus ou moins la conclusion à  laquelle arrive également la revue Nature, dont la tentative d'open peer review s'est terminé en septembre. Bilan annoncé en décembre dernier :

• 1369 articles candidats
• 71 articles ouverts au public après accord des auteurs
• 92 commentaires postés sur 38 articles, dont 49 sur 8 articles
• 10 commentaires pour l'article le plus commenté, portant sur la sélection sexuelle post-accouplement
• note moyenne attribuée par les auteurs aux commentaires reçus : 2,6/5 pour ceux portant sur le contexte de publication (editorial) et 1,8/5 pour les commentaires plus techniques.

Pour Nature, l'expérience n'est pas aussi concluante qu'ils l'espéraient, essentiellement en raison du nombre et de la qualité moyenne des commentaires. Ils n'envisagent donc pas immédiatement de la renouveler voire de l'adopter pour de bon : "les chercheurs ne sont pas encore prêts" affirme Timo Hannay.

Mais le 20 décembre était officiellement lancé PLoS ONE, qui penche résolument de l'autre côté et mise tout sur le peer commentary. Tous les articles soumis à  PLoS ONE sont relus par "au moins un des 200 chercheurs composant le comité de rédaction, uniquement pour vérifier l'absence d'erreur majeure dans les expériences effectuées ou leur analyse. A la différence de quasiment toutes les autres revues, les rapporteurs ne font pas attention à  la signification des résultats. A la place, les articles importants seront mis en avant par l'attention qu'ils susciteront après publication." (Jim Giles, "Open-access journal will publish first, judge later", Nature 445: 9, 4 janvier 2007). En l'absence de tri a priori des articles, ce ne sont pas moins de 40 à  60 articles qui seront publiés par mois dans toutes les disciplines, pour atteindre quelques centaines par mois à  moyen terme.

Comme l'affirme le rédacteur en chef de PLoS ONE Chris Surridge, le but est de "faire une revue où les articles ne sont pas une fin en soi mais le début d'une discussion" (Jim Giles, op. cit.). Pour ce faire, des outils avancés permettant de surligner et d'annoter directement dans le texte, de commenter et de noter les commentaires ont été ou vont être déployés (voir un exemple sur l'article "bac à  sable"). Plus largement, l'ambition des fondateurs du groupe PLoS dont Harold Varmus est véritablement de "tranformer la manière dont on publie la science" !

Le "match" est intéressant et le futur nous dira quelle est la meilleur option. Mais on peut aussi imaginer que les deux modèles continueront à  cohabituer, avec d'autres intermédiaires où le peer commentary s'ajoute au peer review sans le remplacer...

Photo © Getthebubbles

Inductions, conjectures, vérifications, déductions... se retrouvent dans (et fondent) les pratiques scientifiques mais servent aussi à  décoder le discours de ces mêmes scientifiques... pour s'apercevoir qu'ils racontent pas mal de bêtises ! J'ai déjà  pointé du doigt le piège de la distinction entre conjecture non réfutée et connaissance vérifiée (ou prouvée), voici qu'un autre exemple nous est fourni aujourd'hui par un courrier des lecteurs paru dans Nature.

Dans icelle, Gerdien de Jong et Gert Korthof entendent donner tort à  un chercheur polonais dont une lettre publiée dans Nature avait fustigé le biais pro-évolutionniste de la revue.

De plus, où est le biais dont parle Giertych ? Le fait même que sa lettre ait été publiée montre que Nature n'a aucun biais contre ceux qui critiquent l'évolution.

Les chercheurs ici s'appuient sur un unique contre-exemple pour réfuter l'affirmation de Giertych. Cela serait tout à  fait cohérent si cette affirmation était réfutable avec un seul cas à  l'appui. Mais Giertych parle de "biais", et les biais sont toujours statistiques : ce qui compte ce n'est pas que sa lettre ait été publiée mais la proportion de lettres ou d'articles acceptés pour publication qui critiquent la théorie de l'évolution par rapport aux lettres ou articles pro-évolutionnistes. Un cas ne réfute rien, il faut des grands nombres, il faut des répétitions, il faut un intervalle de confiance etc.

Quand je vous disais que les scientifiques ne maîtrisent pas bien leur Popper !

Un récent article d'opinion paru dans ''Nature'' m'a conforté dans une idée que je traîne depuis quelques temps. Les scientifiques disent toujours qu'ils ne promettent rien, notamment en réponse aux citoyens qui les accusent de promesses non tenues (PGM contre la faim dans le monde, nanotechnologies pour augmenter l'homme etc.). J'avais pu le constater moi-même aux débats Vivagora sur les nanotechnologies...

Or les promesses existent bien. Elles permettent de se fixer des objectifs à  moyen terme, d'attirer l'attention des politiques et législateur ("Laissez nous travailler avec les cellules souches et dans quelques années nous pourrons réparer n'importe quel organe déficient !") et surtout d'obtenir des financements et recconaissance. Alors quoi, les scientifiques feraient des promesses sans s'en rendre compte ?

Oui, notamment parce que c'est ancré dans la plus vieille habitude scientifique qui soit, la publication des résultats. A la fin d'un article scientifique, ne trouve-t-on pas toujours des phrases ouvrant vers les perspectives futures ? Ces fameuses phrases reprises ensuite en coeur par les journalistes scientifiques ? Exemple parfait, lors de la publication de l'article sur la première lignée de cellules souches clonées humaines, l'équipe du Dr Hwang concluait en affirmant (c'est moi qui souligne) :

Our work described here shows that stem cell lines can be generated using somatic cells from patients with disease and injury. It may also be possible to generate NT-hESC lines from patients with diseases and disorders of unknown causes. For example, NT-hESCs derived from early-onset Alzheimer's disease or autism patients might prove invaluable for mechanistic studies in vitro after differentiation into neuroprogenitors. In addition, biological insight gained through studying hESCs might find application to ART and assist in understanding genomic imprinting. The derivations of patient-specific NT-hESCs grown without animal cell co-culture may advance cell transplantation therapies as well as aid in the discovery of human developmental processes and the causes of many complex diseases.

L'article a été rétracté depuis et l'on sait que les résultats étaient frauduleux. Précisément parce que le but de cet article était d'attirer l'attention et les financements, auquel participent ces promesses très alléchantes mentionnant la maladie d'Alzheimer et autres "nombreuses maladies complexes".

C'est ce type de comportements que dénonce l'article de Nature. On pourrait en effet envisager qu'un article ne serve qu'à  publier les résultats d'une expérience à  un instant donné, à  les replacer dans leur contexte ou paradigme, et voilà  ! Les chercheurs qui lisent les articles sont suffisamment alertes pour savoir quelles conséquences on peut prévoir à  moyen terme... Et de tout cela, la recherche scientifique sortirait sans doute plus éthique, moins tirée par ses promesses que par ses accomplissements.